对于猿飞日斩的请求, 自来也同意了，并且即刻启程返回木叶。
他很担心老师猿飞日斩的身体情况，同时也很担忧刚刚成为四代火影就遭遇如此危机的弟子水门。
事关他在乎的两个人, 自来也没法再潇洒的继续在外流浪，他选择赶回木叶，成为老师猿飞日斩和弟子波风水门的支持。
但带着静音在外流浪的千手纲手拒绝了猿飞日斩的请求，她仍旧没有回返木叶。
关于九尾被抢一事, 纲手只回信说“九尾本来也不是木叶的私产，被人夺走也是因果循环”。
五十年前, 九尾是宇智波斑抓住的通灵兽。
而在更久之前，九尾谁也不属于，是自由的存在。
总不能因为木叶看管了九尾五十年，就默认九尾是木叶的私产，不允许它脱离木叶的掌控？
千手纲手觉得三尾矶怃骂的话很对, 九尾不是自愿留在木叶被封印在人柱力体内的, 木叶又凭什么限制它的自由一直看管它、利用它的力量？
五十年前, 她的大爷爷和宇智波斑拥有忍界无人可以匹敌的力量, 所以在他们抓住九只尾兽后，无人指摘什么，无人反对批判。
如今, 横空出世的大筒木莹同样拥有强大的力量，为什么她就不能从各大忍村手中救走尾兽, 放它们自由呢？
既然当初得到好处的忍村没有指责太爷爷分配尾兽的行为，现在就不要因为利益受到损害就站在道德制高点上指责大筒木莹救走尾兽了？
反正千手纲手是不知道那些叫囔着“追回九尾”的家伙是怎么想的, 哪里来的那么大的脸，又哪里来的自信能从大筒木莹手中夺过九尾。
在对木叶失望，彻底心灰意冷后, 心结未解的千手纲手不愿意再回木叶，即使木叶遗失了九尾，她也不认为自己有回去的必要。
唔……反正很快，就不止木叶一个忍村失去尾兽了。
从大家都有变成大家都没有，岂不是又达成了一个平衡，到时候还有什么好担心的呢，五大忍村的实力又再次获得了平衡，谁也不比谁好到哪里去。
波风水门没有去管三代火影猿飞日斩私底下的小动作，对他暗中传信让两名弟子返回木叶的事情视若无睹，是默认也是无所谓。
在猿飞日斩因为失去了查克拉陡然变得苍老在医院修养的这段时候，水门抓住这个无人掣肘的机会，雷厉风行地抄了团藏建立的根忍基地。
查抄根忍驻地的暗部在那里发现了太多肮脏黑暗的存在，根忍在团藏的命令下做了许多暗杀他国忍者、灭门忍者家族的事情，团藏的罪孽简直是罄竹难书。
除了命令根忍大肆在木叶铲除异己以外，团藏还在根忍驻地秘密进行着人体试验，那些在养蛊式培育中沦为失败品的忍者全都成了他做实验的素材。
整个根忍驻地简直就像是一个罪恶的巨大集合体，里面潜藏了太多的肮脏和黑暗，无数普通人闻之变色的、天下最黑暗的事情都能在根里面找到。
波风水门在火影小楼查看暗部提交上来的查抄报告时，只觉得报告中的一句句记录是那么的触目惊心，让人心中的怒火像是暴戾的海涛一样不断翻搅咆哮。
砰！
一掌拍碎面前的木桌，连带着桌子上的根忍驻地查抄卷轴一起毁掉，水门脸色阴沉，终于明白大筒木莹为什么会说总有一天他会感激她帮他杀了团藏。
没错，团藏他确实该死！他死得太好了！
气过怒过后，水门深吸一口气，很快就让自己从愤怒中冷静下来。
作为火影，他不能沉浸于个人情绪中忘了自己该做的事情，根忍驻地查抄出来的很多东西都需要他亲自处理，根忍的资料、各大忍村的情报……还有人。
根忍驻地除了一些被团藏当做试验品进行人体试验的忍者，还有更多的忍者等待着水门去处理。
他们有些是已经通过了团藏设置的中中考验，正式成为“根”、取得了代号的忍者；有些则是刚被带回根不久，还在进行养蛊式训练，没有正式成为根忍的小忍者。
这些从根忍驻地救出来的忍者都需要妥善的安置，他们有些是团藏从各处掳来的孤儿、有些是团藏下令根忍灭族的小忍者家族遗留的最后幸存者。
他们已经因为团藏遭受了太多的痛苦，不能再让他们继续为团藏的错误买单，在团藏一手造成的罪孽中继续痛苦下去。
处置这些从根忍驻地救助出来的忍者，水门费了很大的精力、做了很多努力。
幸好一向和他唱反调的志村团藏死了，太过保守只知守成的猿飞日斩在医院修养，而其他几位火影顾问都羞于团藏犯下的罪孽暂时消停了。
水门这才在安置这些根忍忍者时没有遇到太多阻力，一切都进行得还算顺利，总算为那些根忍争取到了还算光明的未来：
还在进行养蛊式培育、没有获得代号的小忍者被水门塞进了忍者学校上学，虽然迟了一点，但他们将重新获得正常的人生，度过正常的童年。
已经获得代号的根忍则被一股脑的送去了医院精神科检查精神情况、心理素质，如果没有太大的问题，那么就按照他们各自的意愿将他们安排进暗部和正式忍者部队。
至于那些被进行了人体试验的忍者，在医院里检查过身体后，没有在人体试验中留下太多隐患的忍者被塞进了暗部方便水门就近照看。
至于那些因人体试验留下了恐怖后遗症，无法像正常人那些生活的忍者，那就只能将他们安排在医院好好修养了。
在医疗忍术最强的千手纲手不肯回来木叶的情况下，水门对那些因人体试验成了重伤号的忍者无能为力，只能嘱咐医院里的医疗忍者好好照料他们。
对于水门处置根忍的中中方案，猿飞日斩略微有些微词，在水门前来探望他的时候，他隐晦地暗示水门不要太过心软，要对根忍斩草除根。
谁也不知道那些根忍到底被团藏洗脑到了什么样的程度，比暗部还要黑暗的根忍如果不处理干净，终究会成为木叶内部的不稳定因素。
但猿飞日斩的微词并没有在木叶造成太大的影响，水门对根忍的处理方式赢得了木叶大多数忍者和平民的支持。
在带土掀起九尾之乱的那天晚上，林莹在质问团藏时并没有收着声音，所以大半个木叶的居民都知道火影顾问志村团藏不是个好东西了。
在查抄根忍驻地后，水门也选择了将暗部呈上的大半非机密的报告公布了出去，所以木叶居民对于根忍的态度普遍是同情的，同情他们被团藏利用。
自来也回到木叶后，在从水门这里了解到事情的前因后果后，他沉默了许久，最终什么话也没说，默认了水门的处理方式，没有站在猿飞日斩那边。
与水门作别后，自来也立刻就去了医院探望修养中的猿飞日斩。
然而，对于猿飞日斩隐晦表露出来的对水门执政理念的不赞同，自来也完全没有做出回应，他装傻应付了过去，就好像他根本没有发现水面下隐藏的波涛。
猿飞日斩是他的恩师，他会尽心尽力地照顾失去查克拉后苍老了许多的老师。
但属于三代火影的时代已经过去了，木叶已经到了需要改革的时候。
现在木叶需要的是积极进取，不是守旧保守，自来也不会在这个时候拖弟子的后腿。
他是个没大志没本事的家伙，所以根本就没像大蛇丸那样试图争取火影之位，但他心里明白，作为第三次忍界大战的胜利方，木叶此时不该低调，该锐意进取了！
现在已经当年二代火影千手扉间战死沙场，木叶局面岌岌可危的时候了，木叶已经再一次强大了起来，该拿回属于自己的威严了，老师的守成已经不适宜当下的木叶了。
三个亲传弟子大蛇丸因人体试验暴露而叛变，千手纲手带着恋人加藤断的侄女静音在外流浪不肯回来木叶，自来也虽然回来了但更偏向于自己的弟子水门。
猿飞日斩失去了所有的弟子的支持，不仅如此，在团藏的所作所为曝光后，被怀疑是否知情的他也失去了与他同期的几名伙伴的支持。
他的同期里，宇智波镜战死于第一次忍界大战，团藏死于弥彦之手，剩下的秋道取风、转寝小春和水户门炎因镜的万花筒写轮眼被团藏秘密盗走一事对他心怀芥蒂，再不肯支持他。
尤其是秋道取风，他从年少时就与宇智波镜合作得最多，与他关系也最好，是三人中最怀疑猿飞日斩、最不肯原谅他的人。
甚至于猿飞日斩住院这么久，秋道取风都没有来探望过他一次。
最后，猿飞日斩失去了政治上的大半支持，真正变成了“孤家寡人”。
虽然他在木叶的威望依旧很高，但他失去了所有的查克拉，又失去了火影顾问秋道取风三人的支持，再想像从前那样在木叶决策层占有举足轻重的地位，无异于痴人说梦。
木叶隐村三代火影猿飞日斩的时代，终于走到了落幕的时候。
忙着处理根忍的事宜，波风水门也没忘了将林莹转交给他的宇智波镜的万花筒写轮眼还给宇智波一族。
虽然木叶高层并不是全都同意将这枚万花筒还给宇智波，但波风水门还是坚持要完成这件事情，他觉得，因为二代火影千手扉间对宇智波的警惕态度，木叶已经将宇智波一族逼到了极点，不能再这么下去了，必须缓和双方的关系。
挑了一个风和日丽的好日子，在提前递过拜帖后，波风水门带着妻子漩涡玖辛奈和才一个月的儿子波风鸣人一起前去拜访宇智波家族。